Molto probabilmente già prima dell'anno 1000 esisteva una chiesa consacrata a San Martino.

La prima notizia riguardante la chiesa consacrata è riportata da una pergamena di Montevergine del maggio 1286. Il 13 agosto 1694 la chiesa di San Martino Vescovo sarà solennemente consacrata dal Cardinale Orsini, il giorno precedente lo era stata quella di San Giovanni Battista. Eletto Papa con il nome di Benedetto XIII, il Cardinale Orsini ritornerà a San Martino la sera del 23 maggio 1729 dormendo nel convento di Santa Caterina. La mattina successiva "Sua Santità consacrò nella suddetta terra di San Martino l'unico altare della chiesa arcipretale, e nel dedicarlo al santo vescovo turonense vi racchiuse le reliquie dé S.S. Primo, e Feliciano martire".

Quando nel 1736 la Chiesa del centro storico, intitolata a San Giovanni Battista, divenne "Collegiata" venne soppressa l'arcipretura di questa chiesa , ma le vivaci proteste delle autorità e dei sammartinesi e i dissidi tra i canonici ed il prevosto costrinsero il cardinale del tempo, nel 1766, a ripristinare nella chiesa di San Martino sia la parrocchia che la stessa arcipretura senza però abolire il collegio dei canonici.

La chiesa ha subìto frequenti danni a causa dei terremoti. Con un deliberato del 23 marzo 1836 fu dichiarata "inufficiabile" e le Sacre Funzioni furono da allora celebrate nella chiesetta del Salvatore (oggi inesistente). L'attuale Chiesa di San Martino è stata costruita nel 1928. L'altare al suo interno è stato donato da Maria Anna del Balzo.